Sự phân chia cụ thể của ngữ hệ này như sau:

Ngữ hệ Nhật Bản

• Tiếng Nhật
• Nhóm ngôn ngữ Lưu Cầu (Ryukyu)
  • Nhóm Yểm-Xung (Amami-Okinawa)
    • Nhánh phía Bắc:
      • tiếng Yểm Mĩ (Amami-Oshima)
      • Hỉ Giới (Kikai)
      • Đức Chi Đảo (Toku-No-Shima).
    • Nhánh phía Nam:
      • Xung Vắng Lương Bộ (Oki-No-Erabu)
      • Xung Thằng (Okinawa)
      • Quốc Đầu (Kunigami)
      • Dữ Luận (Yoron).
  • Nhóm Tiên Đảo (Sakishima):
    • • Cung Cổ (Miyako)
      • Bát Trọng Sơn (Yaeyama)
      • Dữ Na Quốc (Yonaguni).

Nhiều nhà ngôn ngữ học lại có ý kiến khác về nhóm Lưu Cầu như sau đây:

• Nhóm ngôn ngữ Lưu Cầu (Ryukyuan)
  • Nhóm Yểm Mĩ (Amami)
    • Các giọng bắc: Ốc Cửu Đảo (Yakushima), Bắc Đại Đảo (Bắc Oshima)
    • Các giọng nam: Dữ Luận (Yoron), Nam Đại Đảo (Nam Oshima)
  • Nhóm Xung Thằng (Okinawa)
    • Giọng Quốc Đầu (Kunigami), hay Bắc Xung Thằng (Bắc Okinawa)
    • Giọng Xung Thằng (Okinawa), hay Nam Xung Thằng (Nam Okinawa)
  • Nhóm Cung Cổ (Miyako)
  • Nhóm Bát Trọng Sơn (Yaeyama)
  • Nhóm Dữ Na Quốc (Yonaguni)

Trong các ngôn ngữ trên, tuyệt đại đa số là được sử dụng bởi một thiểu số rất ít người, một số ngôn ngữ chỉ có vài trăm người sử dụng. Ngoài tiếng Nhật, duy có một ngôn ngữ có số người sử dụng gần 1 triệu là tiếng miền Trung Okinawa (xem thêm Bàn đồ Okinawa, 1990). Tất cả 11 ngôn ngữ còn lại đều không thể dùng để giao tiếp với tiếng Nhật vì sự dị biệt tới mức không hiểu nổi giữa các ngôn ngữ này.